Да, если призывная комиссия вынесла заключение о возможности замены для Вас военной службы альтернативной гражданской службой, перед направлением на АГС Вы должны пройти медосвидетельствование. По его итогам Вы либо признаетесь годным к военной службе и направляетесь на АГС, либо получаете отсрочку (освобождение) и от призыва, и от АГС по состоянию здоровья.